水田土壌中で生成されたメタンは、一部は大気中に放出され、
その他は、土壌中に一時滞留し、一部は土壌中で分解する。
水田において土壌有機物から生成されるメタンの総量は
年間約9.6万トン見積られている。（化学肥料を使用すると
大気中に放出される割合は１０％以上増加する。）
光合成により有機物へと同化された二酸化炭素が再びメタンとなって、
大気に放出されるまでにわずか1.5時間しか要しない。
一方、浸透水中のメタンは心土を通過中に分解する。
水稲自体がメタンの起源として重要なシナジーに関与している。　　Y.K

(栽培操作の対象となる上層の根張りの大部分を耕土といい、つづく下層を心土（しんど）という。)